《25时，赤坂见 第二季》延续了第一季中围绕赤坂这个繁华都市展开的故事，讲述了几位主角在午夜过后的25时，彼此交织的命运与内心挣扎。故事背景设定在东京赤坂，一个充满现代都市氛围的区域，夜晚的霓虹灯下隐藏着形形色色的人生百态和复杂人际关系。
第二季中，剧情围绕主角赤坂见这一独特身份展开，他既是一个夜店老板，也是一个有着深厚秘密的普通人。与他相关的还有富有正义感的女记者小川真奈，以及神秘莫测的黑帮成员泽村一郎。三人在夜晚的赤坂，因一系列事件卷入了一场涉及阴谋、背叛与救赎的较量中。故事逐渐揭示了赤坂见背后隐藏的过去以及他与各方势力之间的复杂联系。
剧情的高潮发生在赤坂夜市的一场突发冲突中，赤坂见与泽村一郎不得不暂时放下恩怨，携手应对共同的敌人。此时，小川真奈的报道也成为改变局势的关键因素。最终，随着一段尘封的秘密被揭开，角色们各自迎来了自我救赎与新生的转折，故事在希望与未知中画下句点，为可能的后续发展埋下伏笔。