《穿越亚马逊》讲述了一支探险队深入神秘的亚马逊雨林，寻找传说中失落的古文明遗迹的故事。影片以21世纪初的南美洲为背景，展现了原始丛林的险恶环境和丰富多样的自然生态，营造出紧张刺激的冒险氛围。
故事的主角是考古学家艾琳，她富有智慧且勇敢，怀揣着解开历史谜团的执着信念。她带领的团队成员包括经验丰富的向导马丁、技术宅的摄影师卢卡斯和性格阴郁的生物学家蕾娜。探险队一路上遇到恶劣天气、热带猛兽以及陷阱重重的古遗迹，面对体力和意志的双重考验。
剧情的高潮发生在发现遗迹核心时，队伍遭遇了土著部落的阻拦，以及内部因利益分歧引发的矛盾和背叛。最终，艾琳凭借坚定的信念与团队合作，化解危机，成功揭开了文明的秘密，却也不得不面对人类贪婪对自然的破坏。影片结尾以反思人与自然的关系和保护环境为主题，充满深意。